Publieke kennisinstellingen die geen onderneming zijn, komen in aanmerking voor S&O-afdrachtvermindering als zij S&O verrichten in opdracht en voor rekening van een onderneming of een samenwerkingsverband van ondernemingen. De kennisinstelling die S&O-afdrachtvermindering ontvangt, dient dit voordeel weer door te geven aan de opdrachtgever. In 2006 bleek al dat kennisinstellingen het voordeel van de S&O-afdrachtvermindering in onvoldoende mate aan de opdrachtgever doorgeven. Uit de evaluatie hierna die in 2012 plaatsvond, werd duidelijk dat nog steeds slechts een beperkt deel van de kennisinstellingen het voordeel doorgeeft. In 46% van de gevallen wordt het voordeel niet doorgegeven en in 23% van de gevallen slechts gedeeltelijk.
Zoals al aangekondigd door Minister Kamp van Economische Zaken in de kamerbrief van 2 juli 2014, is besloten om het contractonderzoek door publieke kennisinstellingen uit de S&O-afdrachtvermindering te halen.